R系
高い燃焼効率、フリクションによる損失の低減、徹底的な軽量化を実現した。またディープスカート構造や鋳鉄製ベアリングキャップ、高剛性アルミオイルパンの採用など、シリンダーブロックまわりの剛性を高めてエンジン騒音を低減させた。
R06A
（3代目MRワゴン）
ロングストローク化して低速トルクを向上させた。細径M10ロングリーチプラグの採用により燃焼室周辺の冷却通路を確保し、耐ノッキング性能を向上させた。低張力ピストンリングやピストンスカートの樹脂コーティングなどで、K6A比でフリクションを約10％低減させた。クランクシャフトを鍛造スチールとすることでピン、ジャーナルともにK6A比で16％小径化するなど、構造やレイアウトを見直してクラス最軽量を達成した。また自然吸気エンジンに軽自動車初となる吸排気VVT機構を採用した。
| エンジン型式 | R06A |
| エンジン種類 | 水冷 4サイクル 直列3気筒 |
| 弁機構 | DOHC 12バルブ |
| 内径（mm）×行程（mm） | 64.0×68.2 |
| 総排気量（cc） | 658 |
搭載車一覧 R06A [※]
| 機種名 発売年 | 搭載期間 | |
| MRワゴン （3代目） 2011 | 2011年1月 | 2015年12月 |
| アルト （7代目） 2009 | 2011年11月 | 2014年12月 |
| アルト （8代目） 2014 | 2014年12月 | 継続中 |
| アルト ラパン （3代目） 2015 | 2015年6月 | 継続中 |
| アルトワークス （5代目） 2015 | 2015年12月 | 継続中 |
| ワゴンR （5代目） 2012 | 2012年9月 | 2017年2月 |
| ワゴンRスティングレー 2012 | 2012年9月 | 2017年2月 |
| ワゴンR （6代目） 2017 | 2017年2月 | 継続中 |
| ワゴンRスティングレー 2017 | 2017年2月 | 継続中 |
| スペーシア （初代） 2013 | 2013年3月 | 2017年12月 |
| スペーシア カスタム 2013 | 2013年6月 | 2015年5月 |
| キャリイ （11代目） 2013 | 2013年9月 | 継続中 |
| スーパーキャリイ 2018 | 2018年5月 | 継続中 |
| ハスラー （初代） 2014 | 2014年1月 | 2020年1月 |
| エブリイ （12代目） 2015 | 2015年2月 | 継続中 |
| エブリイワゴン （3代目） 2015 | 2015年2月 | 継続中 |
| ジムニー （4代目） 2018 | 2018年7月 | 継続中 |
搭載車一覧 R06A+WA04Aモーター [※]
| 機種名 発売年 | 搭載期間 | |
| ワゴンR （5代目） 2012 （Sエネチャージ） | 2014年8月 | 2017年2月 |
| ワゴンRスティングレー 2012 （Sエネチャージ） | 2014年8月 | 2017年2月 |
| ハスラー （初代） 2014 （Sエネチャージ） | 2015年5月 | 2020年1月 |
| スペーシア （初代） 2013 （Sエネチャージ） | 2015年5月 | 2017年2月 |
| スペーシア カスタムZ 2016 （Sエネチャージ） | 2016年12月 | 2017年12月 |
搭載車一覧 R06A+WA05Aモーター [※]
| 機種名 発売年 | 搭載期間 | |
| ワゴンR （6代目） 2017 （マイルドハイブリッド） | 2017年2月 | 継続中 |
| ワゴンRスティングレー 2017 （マイルドハイブリッド） | 2017年2月 | 継続中 |
| スペーシア （2代目） 2017 （マイルドハイブリッド） | 2017年12月 | 継続中 |
| スペーシア カスタム 2017 （マイルドハイブリッド） | 2017年12月 | 継続中 |
| スペーシアギア 2018 （マイルドハイブリッド） | 2018年12月 | 継続中 |
| ハスラー （2代目） 2020 （マイルドハイブリッド） | 2020年1月 | 継続中 |
搭載車一覧 R06D+WA04Cモーター [※]
| 機種名 発売年 | 搭載期間 | |
| ハスラー （2代目） 2020 （マイルドハイブリッド） | 2020年1月 | 継続中 |
R06D
（2代目ハスラー）
高い燃費性能を実現するために、デュアルインジェクションシステム、クールドEGR、急速燃焼、高圧縮比化などの様々な熱効率向上技術を採用した。